Der Branitzer See weist noch immer Blaualgen auf. Das hat eine Untersuchung von Wasserproben ergeben. Am See werden Warnschilder aufgestellt, die auf die Belastung hinweisen. Bereits Mitte Juli wurden Blaualgen bei einer turnusmäßigen Überprüfung festgestellt.
Insgesamt wurden sechs verschiedene Algenarten nachgewiesen, wobei eine Art als stark toxinbildend gilt. Aus Vorsorgegründen sollte daher das Baden im See vermieden werden. Besonders Kinder und Kleinkinder sollten weder ins Wasser gehen noch am Ufer spielen.
Der Branitzer See ist kein offizielles Badegewässer der Stadt Cottbus/Chóśebuz. Baden erfolgt daher immer auf eigene Gefahr.